Existen dos formas o regímenes de administración de la Asignación Especial del Sistema General de Participaciones para Resguardos Indígenas (AESGPRI): la administración a través de la entidad territorial, y la administración directa por parte del resguardo indígena (RI), la asociación de resguardos indígenas (ARI) o el territorio indígena (TI).